1967 年2 月14 日，總統蔣中正先生召見中華民國國際關係研究所（本校國關中心前身）吳俊才主任，面示該所與國立政治大學合作籌辦本所，目的在於培養反共思想鬥爭的人才。1968 年秋，本所碩士班正式招生開課，成為全台第一個專門研究中國大陸的研究所，並由吳俊才主任兼任本所第一任所長。本所於1984 年成立博士班，開始培養研究中國大陸的高階人才。隨著時代變遷，本所逐漸轉型為學術研究單位。2001 年8 月起，本所與外交系、俄羅斯研究所共同隸屬於政治大學國際事務學院。
本所所名指涉的「東亞」一詞，乃是中國大陸及其相鄰地區。故本所教學研究的範圍，係以中國大陸為主，再適度涵蓋其他周邊區域。在創所之初，本所發展以培養「共黨理論」、「國際共黨運動」和「中國大陸問題」之高級研究暨政策人才為主，以研究東亞地區之區域研究為輔。隨著中國大陸局勢與兩岸關係的演變，本所發展方向與研究重點也從早期的「匪情研究」轉變到今日的「中國研究」。
本所累積半世紀研究中國大陸的基礎，實為想駕馭「中國崛起」歷史巨浪的學子們的最佳學習園地。為因應國際中國研究學界的轉變，現階段本所更加強調社會科學的訓練，結合多元的議題與研究途徑，並以實地田野調查等不同方法理解中國大陸，以期培育具備專業分析能力和國際視野的「中國研究」暨「兩岸公共事務」人才。
課程理念規劃
本所以區域研究（中國大陸研究）訓練為主，專業學科（政治學、社會學、經濟學等）訓練為輔。為達成本所的發展目標，本所於108學年起將實施新的修業與課程規定，主要課程結構分為下列三大類：
1.基礎課程
(1)院級基礎課程：必修三門課—「研究方法」、「國際關係理論」以及「政治經濟學」。
2.中國大陸研究的應用課程（所級核心課程五選三）：本所配合中國大陸各領域發展和現勢需要，開授多門核心選修課程，內容涵蓋：經濟發展、政治轉型、社會變遷、兩岸關係以及東南亞研究等。課程種類之多元與豐富，在台灣相關系所中首屈一指。期望同學從中可對中國大陸各方面的發展與問題，有一通盤性的了解。
3.社會科學的重點學科專業課程（一般選修或外所課程）：本所利用政治大學作為全國人文與社會科學領域的頂尖學府的優勢，經由合開課程、合聘教師，以及推薦課程的方式，開授其他進階的中國大陸專題課程，同時鼓勵同學選修校內優質的社會科學課程，期以強化其自身研究領域的社科理論知識與運用能力。
修業規則
一、畢業學分規定：
1. 修滿30個畢業學分；
2. 博士班開設的 5門核心課程中，至少修習其中 3門。
二、其他畢業規定：
1. 通過 2科學科考試；
2. 通過英語能力檢測；
3. 通過畢業期刊著作要求（積分制)；
三、學位論文考試流程：學生通過2科學科考試後，始得依下列程序進行學位論文。
1.所內論文題目預報：由所內進行審查，審查通過後，學生始能與擬定指導教授討論並徵求其同意。
2.正式論文題目申報：於所內論文題目預報完成後，依校規定送交指導教授名單及論文題目。
3.論文計劃審查：學生於提交指導教授名單及論文題目後，經指導教授同意，得著手撰寫論文計劃審查，並進行論文計劃審查。
4.研究學位考試：論文計劃審查通過六個月後，始得經指導教授之同意，申請學位考試。
課程地圖發展歷程
98年12月2日所務會議通過；
99年1月22日院課程委員會通過；
100年10月13日第1次所務會議通過；
100年11月14日院課程委員會通過；
106年6月5日所務會議確認
106年11月8日所務會議確認
107年6月5日所務會議確認
107年11月13日所務會議確認
107年11月13日所務會議確認
108年3月6日所課程委員會通過
108年11月28日所務會議確認
109年6月1日所務會議確認
109年10月28日所務會議確認
110年5月28日所務會議確認
110年11月26日所務會議確認
111年5月24日所務會議確認
111年11月28日所務會議確認
112年5月24日所務會議確認
112年10月16日所務會議確認
校、系核心能力連結表
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